南京农业大学研究生院成立于1993年，是国家级农业高水平重点建设学科，是国家级农业人才教育培养模式创新实验区，是硕士研究生与博士研究生的培养机构。目前，研究生院下设7个教学部、1个研究生管理办公室，承担南京农业大学所有硕士研究生和博士研究生教学、管理工作。
研究生院拥有一支教授、硕士研究生导师和博士研究生导师队伍，其中，国家杰出青年科学基金获得者1人，教育部“长江学者”特聘教授1人，江苏省“双创人才”1人。研究生院课程设置丰富，涵盖10大学科门类，同时还配有课外学术活动项目、职业生涯发展课程、企业走访实习、海外交流等实践性课程。
